ČZU se zapojila do projektu Rosetta@home a Folding@home
Česká zemědělská univerzita v Praze se zapojila do projektu Rosetta@home a Folding@home s cílem pomoci při boji proti koronaviru COVID-19. Byla využita volná výpočetní technika s důrazem na bezpečnost a zachování chodu produkčního prostředí. Zapojení univerzity do projektu iniciovala již na začátku března 2020 Provozně ekonomická fakulta ČZU, která poskytla svou kompletní výpočetní kapacitu BigData clusteru. Do projektu se dále zapojili i pracovníci Odboru informačních a komunikačních technologií ČZU a poskytli projektu další výpočetní kapacitu, kterou ČZU disponuje.
Projekt Rosetta@home je součástí platformy BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), který využívá výpočetního výkonu poskytnutého zařízení (domácí PC, notebook, server) pro distribuované výpočty.
Rosetta@home projekt potřebuje pomoc při určování trojrozměrných tvarů proteinů ve výzkumu, které mohou vést k nalezení léků na některá hlavní lidská onemocnění. Spuštěním programu Rosetta v svém počítači každý může pomoci urychlit a rozšířit výzkum různých nemocí (např. koronaviru COVID-19, rakoviny, Alzheimerovy choroby, HIV, malárie atd.). „Jsme velice rádi, za to, že existuje možnost a příležitost zapojit se do výzkumu s bojem s infekcí COVID-19 i dalšími závažnými nemocemi. Tím, že jsme do projektu Rosetta@home dali k dispozici náš výpočetní výkon, jsme získali dobrý pocit z toho, že i my, ač se neorientujeme primárně na lékařský výzkum, můžeme přispět dobré věci v těchto nelehkých časech,“ řekl děkan Provozně ekonomické fakulty ČZU v Praze doktor Martin Pelikán.
CZU je reprezentována uživatelem „CZU Praha“, který je členem stejnojmenného teamu „CZU Praha“. Pokud se chcete přidat k výpočtům za CZU, stačí se po vytvoření svého účtu připojit do výše jmenovaného teamu.
Projekt Folding@home je v poslední době jeden z nejpopulárnějších projektů distribuovaných výpočtů, který slouží k simulování prostorového skládání proteinů. Tento projekt umí využívat nejen CPU poskytnutého PC, ale také výkonu grafické karty (GPU). Ze zkušeností s vědeckými výpočty na CZU je právě využití GPU při těchto výpočtech stěžejní, protože poskytují několikanásobný výpočetní výkon, než při využití CPU. K výpočtům lze využít grafické karty výrobců Nvidia a AMD.
CZU je reprezentována teamem číslo 241584. Pokud se chcete přidat k výpočtům za CZU, stačí při úvodním nastavení klienta nastavit číslo teamu na 241584.
Po instalaci klienta a připojení k projektu jsou pro PC distribuovány úlohy ke zpracování. Po jejich zpracování jsou výsledky odeslány na řídící server, který složí dílčí výsledky dohromady a pro PC pošle další úlohy.
Aktuální statistiky ohledně teamu CZU jsou k dispozici na oficiálních stránkách projektu nebo přehledně i s dalšími statistikami ZDE.
